Brak natomiast tożsamej instytucji w systemach innych państw rozwiniętych (np. amerykańskich department, agency etc.). Od roku 1958, a więc etapu budowania Polskiej Rzeczpospolitej Ludowej, konstrukcja jednostki budżetowej nie ulegała znaczącym zmianom. Stanowi ona do dziś jedną z fundamentalnych koncepcji, na której ufundowany jest cały system finansów publicznych. Jednostki budżetowe są najbardziej rozpowszechnioną formą organizacyjną nieposiadającą osobowości prawnej, poprzez którą działa Skarbu Państwa, gminy, powiaty i województwa.
O ile ze względu na złożoność konstrukcji Skarbu Państwa, który działa przy pomocy wielu organów państwowych, można pogodzić się z istnieniem państwowych jednostek budżetowych jako jego reprezentantów, to w przypadku gmin, powiatów i województw nie ma powodów, aby administrację każdej z tych jednostek samorządu terytorialnego prawo traktowało jako „sumę” jednostek budżetowych, „spinanych” jedynie przez budżet. Niekorzystne konsekwencje istnienia jednostek budżetowych w obecnej postaci to:
1. Prawo traktuje jednostkę budżetową jako samodzielną i wyodrębnioną jednostkę organizacyjną. Na gruncie ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości, każda jednostka budżetowa ma obowiązek posiadania własnej polityki rachunkowości, którą określa jej kierownik. W polskim prawie finansów publicznych nie ma zatem warunków dla jednolitej konwencji polityki rachunkowości choćby w odniesieniu do budżetu państwa, przynajmniej w jakimś elementarnym zakresie.
2. Każda jednostka budżetowa musi posiadać głównego księgowego (art. 54 ustawy o finansach publicznych), będącego filarem systemu kontroli wewnętrznej, dodać należy – nieco archaicznym, biorąc pod uwagę potencjał, jaki drzemie w informatyzacji.
3. Ze względu na konstrukcję jednostki budżetowej i usytuowanie głównego księgowego nie jest racjonalne stworzenie jednego centrum finansowo-księgowego (np. choćby dla całego resortu, a więc często co najmniej kilkudziesięciu jednostek budżetowych). Równolegle do takiego centrum w poszczególnych jednostkach budżetowych musiałyby bowiem nadal istnieć stanowiska głównych księgowych, gdyż tak stanowi ustawa o finansach publicznych. Prawo finansowe innych krajów bardzo często nie nakazuje tworzenia w jednostkach organizacyjnych objętych budżetem państwa stanowisk księgowych, ale np. zobowiązuje do „zapewnienia przez Radę Ministrów właściwej obsługi rachunkowo-kasowej”. Przy takim rozwiązaniu realna stałaby się w Polsce możliwość scentralizowania odpowiedzialności i wszystkich operacji finansowych budżetu państwa. Oczywistym jest, że w możliwości swobodnego ustalania zasad działania służb finansowych drzemią również oszczędności. Analogiczne bariery istnieją obecnie dla struktur organizacyjnych jednostki samorządu terytorialnego, która w każdej jednostce budżetowej musi mieć głównego księgowego, oprócz skarbnika samej jednostki samorządu.
4. Poszczególne jednostki budżetowe: państwowe i samorządowe są uczestnikiem ogromnego i być może niepotrzebnego w takim zakresie systemu sprawozdawczości budżetowej. Każda z jednostek budżetowych musi prowadzić własną sprawozdawczość, którą agreguje właściwy minister (budżet państwa) i organ wykonawczy (jednostka samorządu terytorialnego).
5. Jednostka budżetowa jest ostoją mieszanego podmiotowo-przedmiotowego charakteru klasyfikacji budżetowej. Często instytucja publiczna funkcjonująca jako jednostka budżetowa, choć prowadzi zróżnicowaną działalność, swoje dochody i wydatki musi klasyfikować w jednym rozdziale – właściwym podmiotowo dla tego typu instytucjonalnego. Deformuje to obraz działalności prowadzonej przez poszczególne elementy struktur państwa.
6. Istnienie jednostki budżetowej powoduje inflację przepisów ustaw w wielu sferach, gdyż jednostka ta jest najbliższą i jedyną identyfikowalną formą, w której może działać jakiś nowy byt administracji publicznej. Wymagane prawem jednostki organizacyjne stają się więc na ogół jednostkami budżetowymi, a nie elementem składowym istniejących jednostek.
W sensie konfiguracji struktur administracji publicznej ustawa o finansach publicznych poprzez koncepcję jednostki budżetowej działa jak ciasny gorset, który krępuje elastyczność kształtowania rozwiązań finansowych i organizacyjnych dla Skarbu Państwa oraz jednostek samorządu terytorialnego.